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構建簡化基因組文庫的方法及試劑盒

  • 專利類型:發明專利
  • 有效期:不限
  • 發布日期:2022-01-23
  • 技術成熟度:通過小試
交易價格: ¥面議
  • 法律狀態核實
  • 簽署交易協議
  • 代辦官方過戶
  • 交易成功

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  • 技術(專利)類型 發明專利
  • 申請號/專利號 CN201611193343.X 
  • 技術(專利)名稱 構建簡化基因組文庫的方法及試劑盒 
  • 項目單位 中國水稻研究所
  • 發明人 王克劍,劉慶 
  • 行業類別 其他領域
  • 技術成熟度 通過小試
  • 交易價格 ¥面議
  • 聯系人 陳佳佳
  • 發布時間 2022-01-23  
  • 01

    項目簡介

    本發明提供了一種構建簡化基因組文庫的方法及試劑盒。該方法包括:利用第一對引物對全基因組進行非特異性擴增,得到隨機擴增片段;利用第二對引物對隨機擴增片段進行特異性擴增,得到簡化基因組文庫。該方法利用非特異性擴增在基因組上存在隨機性的特點,無需高質量或高濃度的DNA,無需繁瑣的酶切建庫步驟,只需要對樣本DNA進行簡單的PCR反應,可以隨意選擇目標片段。通過簡單更改PCR退火溫度或引物序列就可以靈活控制目標片段在全基因組的覆蓋區域。該方法步驟簡捷易行、靈活度高、成本較低,而且測序結果準確性高。
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  • 02

    說明書

    1.一種構建簡化基因組文庫的方法,其特征在于,所述方法包括:利用第一對引物對全基因組進行非特異性擴增,得到隨機擴增片段;利用第二對引物對所述隨機擴增片段進行特異性富集擴增,得到所述簡化基因組文庫;所述第一對引物的3’端具有一個或多個簡并堿基。2.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,通過降低所述第一對引物的退火溫度的方式,對全基因組進行非特異性擴增,得到所述隨機擴增片段。3.根據權利要求1所述的方法,其特征在于,所述第一對引物沿5’至3’方向依次包括搭橋序列、可選的第一標簽序列以及非特異擴增序列,所述非特異擴增序列具有所述簡并堿基。4.根據權利要求3所述的方法,其特征在于,所述簡并堿基的數目隨所欲得到的所述隨機擴增片段的數目的增多而增多。5.根據權利要求3所述的方法,其特征在于,所述第二對引物沿5’至3’方向依次包括測序接頭序列、測序引物序列以及所述搭橋序列。6.根據權利要求4所述的方法,其特征在于,所述非特異擴增序列的長度為4~25bp。7.根據權利要求4所述的方法,其特征在于,所述第一標簽序列的長度為1~20bp。8.根據權利要求4所述的方法,其特征在于,所述搭橋序列的長度為15~30bp。9.根據權利要求3所述的方法,其特征在于,所述第一對引物中的所述非特異擴增序列的來源選自水稻、玉米、大麥、小麥、擬南芥、人以及動物中的任意一種。10.根據權利要求3所述的方法,其特征在于,所述第一對引物包括第一上游引物和第一下游引物,所述第一上游引物的通式為:CGACGCTCTTCCGATCTTGACGC(P)p(Q)q,所述第一下游引物的通式為:GTGTGCTCTTCCGATCTCAGTCC(P’)p’(Q’)q’;或者所述第一上游引物的通式為:CCTGCGTGTCTCCGACTCAG(P)p(Q)q,所述第一下游引物的通式為:CTATGGGCAGTCGGTGAT(P’)p’(Q’)q’;其中,SEQ ID NO:1:CGACGCTCTTCCGATCTTGACGC或者SEQ ID NO:23:CCTGCGTGTCTCCGACTCAG表示所述第一上游引物中的搭橋序列,(P)p表示所述第一上游引物中p個堿基P形成的所述第一標簽序列,P選自A、T、C或G,1≤p≤20,(Q)q表示所述第一上游引物中q個堿基Q形成的非特異性擴增序列,Q選自A、T、C、G、R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D或N,4≤q≤25;SEQ ID NO:2:GTGTGCTCTTCCGATCTCAGTCC或者SEQ ID NO:24:CTATGGGCAGTCGGTGAT表示所述第一下游引物中的搭橋序列,(P’)p’表示所述第一下游引物中p’個堿基P’形成的所述第一標簽序列,P’選自A、T、C或G,1≤p’≤20,(Q’)q’表示所述第一下游引物中q’個堿基Q’形成的非特異性擴增序列,Q’選自A、T、C、G、R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D或N,4≤q’≤25。11.一種構建簡化基因組文庫的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒包括對全基因組進行非特異性擴增的第一對引物和對所述第一對引物的擴增產物進行特異性擴增的第二對引物;所述對全基因組進行非特異性擴增的第一對引物的3’端具有一個或多個簡并堿基。12.根據權利要求11所述的試劑盒,其特征在于,所述第一對引物沿5’至3’方向依次包括搭橋序列、可選的第一標簽序列以及非特異擴增序列。13.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述第二對引物沿5’至3’方向依次包括測序接頭序列、測序引物序列以及所述搭橋序列。14.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述非特異擴增序列的長度為4~25bp。15.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述第一標簽序列的長度為1~20bp。16.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述搭橋序列的長度為15~30bp。17.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述第一對引物中的非特異擴增序列的來源選自水稻、玉米、大麥、小麥、擬南芥、人以及動物中的任意一種。18.根據權利要求12所述的試劑盒,其特征在于,所述第一對引物包括第一上游引物和第一下游引物,所述第一上游引物的通式為:CGACGCTCTTCCGATCTTGACGC(P)p(Q)q,所述第一下游引物的通式為:GTGTGCTCTTCCGATCTCAGTCC(P’)p’(Q’)q’;或者所述第一上游引物的通式為:CCTGCGTGTCTCCGACTCAG(P)p(Q)q,所述第一下游引物的通式為:CTATGGGCAGTCGGTGAT(P’)p’(Q’)q’;其中,SEQ ID NO:1:CGACGCTCTTCCGATCTTGACGC或者SEQ ID NO:23:CCTGCGTGTCTCCGACTCAG表示所述第一上游引物中的搭橋序列,(P)p表示所述第一上游引物中p個堿基P形成的所述第一標簽序列,P選自A、T、C或G,1≤p≤20,(Q)q表示所述第一上游引物中q個堿基Q形成的非特異性擴增序列,Q選自A、T、C、G、R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D或N,4≤q≤25;SEQ ID NO:2:GTGTGCTCTTCCGATCTCAGTCC或者SEQ ID NO:24:CTATGGGCAGTCGGTGAT表示所述第一下游引物中的搭橋序列,(P’)p’表示所述第一下游引物中p’個堿基P’形成的所述第一標簽序列,P’選自A、T、C或G,1≤p’≤20,(Q’)q’表示所述第一下游引物中q’個堿基Q’形成的非特異性擴增序列,Q’選自A、T、C、G、R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D或N,4≤q’≤25。
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專利技術附圖

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