本發(fā)明公開了一種試劑盒，其包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識(shí)別X染色體上的特定的29個(gè)基因的外顯子區(qū)和X染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域，所有的探針能夠特異性識(shí)別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M，所述探針能夠特異性識(shí)別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)和Y染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域，所有的探針能夠特異性識(shí)別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。同時(shí)，本發(fā)明還公開了試劑盒在檢測(cè)性發(fā)育相關(guān)基因中的用途、一種檢測(cè)SRY基因變異的方法、一種檢測(cè)SRY基因變異的裝置和一種檢測(cè)性發(fā)育相關(guān)基因變異的方法。

1.一種檢測(cè)SRY基因變異的裝置，其特征在于，包括，核酸獲取單元，用于獲取待測(cè)樣本核酸；測(cè)序單元，用于對(duì)來自核酸獲取單元的核酸中的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，獲得測(cè)序數(shù)據(jù)，所述測(cè)序數(shù)據(jù)由多個(gè)讀段組成，所述目標(biāo)區(qū)域是使用試劑盒捕獲所述核酸獲得的；第一比對(duì)單元，用于將來自測(cè)序單元的測(cè)序數(shù)據(jù)與第一參考序列比對(duì)，獲得第一比對(duì)結(jié)果；計(jì)算單元，用于基于來自第一比對(duì)單元的第一比對(duì)結(jié)果，計(jì)算X染色體和Y染色體的測(cè)序深度，以及任選的計(jì)算常染色體的測(cè)序深度，X染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上X染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/X染色體目標(biāo)區(qū)域的大小，Y染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上Y染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/Y染色體目標(biāo)區(qū)域的大小，常染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上常染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/常染色體目標(biāo)區(qū)域的大小；檢測(cè)單元，用于比較來自計(jì)算單元的Y染色體測(cè)序深度和X染色體測(cè)序深度，任選的用于比較來自計(jì)算單元的Y染色體測(cè)序深度和常染色體測(cè)序深度，用于執(zhí)行以下(i)或(ii)程序以檢測(cè)SRY基因變異，(i)當(dāng)Y染色體測(cè)序深度小于1/5的X染色體測(cè)序深度，和/或Y染色體測(cè)序深度小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，將來自測(cè)序單元的測(cè)序數(shù)據(jù)與第二參考序列比對(duì)，獲得第二比對(duì)結(jié)果，將所述第二比對(duì)結(jié)果中的未比對(duì)上所述第二參考序列的讀段與第三參考序列比對(duì)，獲得第三比對(duì)結(jié)果，基于所述第三比對(duì)結(jié)果，檢測(cè)SRY基因變異；(ii)當(dāng)Y染色體測(cè)序深度不小于1/5的X染色體測(cè)序深度，和/或Y染色體測(cè)序深度不小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，基于來自第一比對(duì)單元的第一比對(duì)結(jié)果，檢測(cè)SRY基因變異；其中，所述第一參考序列包括X染色體、Y染色體和常染色體的參考序列，所述第二參考序列為X染色體參考序列和常染色體參考序列，所述第三參考序列為Y染色體參考序列；(i)中的基于第三比對(duì)結(jié)果檢測(cè)SRY基因變異包括，基于所述第三比對(duì)結(jié)果中的比對(duì)到SRY基因參考序列的讀段的信息，計(jì)算SRY基因的覆蓋度和/或SRY基因的測(cè)序深度，當(dāng)所述SRY基因覆蓋度不小于90％和/或所述測(cè)序深度不小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，判定存在SRY基因陽(yáng)性變異，其中，所述SRY基因的覆蓋度＝有讀段比對(duì)上的SRY基因參考序列的區(qū)域的大小/SRY基因的大小，所述SRY基因的測(cè)序深度＝比對(duì)上SRY基因的讀段數(shù)目/SRY基因的大小；其中：所述試劑盒包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識(shí)別X染色體上的以下29個(gè)基因的外顯子區(qū)：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域；以及所述探針能夠特異性識(shí)別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)，和Y染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域。2.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別X染色體上的與每個(gè)所述29個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識(shí)別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M。3.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別Y染色體上的與SRY基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識(shí)別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。4.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別每5-10M所述X參考染色體區(qū)域中的至少一部分，和/或所述探針能夠特異性識(shí)別每5-10M所述Y參考染色體區(qū)域中的至少一部分。5.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述X染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域包括以下X染色體上的15個(gè)基因的外顯子區(qū)：GATA1、KLHL4、DGKK、DIAPH2、EBP、MTCP1、HPRT1、MTM1、BRCC3、USP26、BCOR、ZXDA、RAB40AL、CHRDL1和FMR1，任選的，包括與每個(gè)所述15個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，和/或所述Y染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域包括以下Y染色體上的5個(gè)基因的外顯子區(qū)：KDM5D、PCDH11Y、DDX3Y、EIF1AY和USP9Y。6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的裝置，其特征在于，包括與每個(gè)所述5個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。7.權(quán)利要求1的裝置，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別至少一個(gè)常染色體基因的至少一部分。8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的裝置，其特征在于，至少一個(gè)常染色體基因的至少一部分包括以下常染色體基因的外顯子區(qū)：AGPAT2、GADD45G、SLC39A4、AIP、CUL7、KIAA1267、SMARCA2、AIRE、CYB5A、GATA3、KIF7、AKAP2、CYB5R3、GATA4、KISS1、ORC1、SNAP29、AKR1C2、CYP11A1、GDF9、KISS1R、OTX2、SNRPN、AKR1C4、CYP11B1、GHR、PAPSS2、SOS1、ALMS1、CYP11B2、KRAS、PAX2、SOX10、ALX4、CYP17A1、GLI3、LEP、SOX2、AMH、CYP19A1、GNAS、LEPR、PCSK1、AMHR2、CYP21A2、GNRH1、LHB、PEX1、SOX8、CYP3A7、GNRHR、LHCGR、PEX12、SOX9、ARID1B、DAZ1、GPC6、LHX1、PEX14、SPATA17、ARID5B、DBH、GSTM1、LHX3、PEX2、SPATA4、ARL6、DCAF17、GSTT1、LHX4、PEX26、SRD5A1、H19、LHX9、PEX3、SRD5A2、ATF3、H6PD、LMNA、PEX5、ATPAF2、DHCR7、HARS2、LZTFL1、PEX6、STAR、ATR、DHH、STK11、MAP2K1、PITX2、STRA6、BBS1、DIS3L2、HESX1、MAP31、PMM2、SULT2A1、BBS10、DMRT1、HFE、MAP3K4、TAC3、BBS12、DMRT2、HHIP、MAPK1、POLG、TACR3、BBS2、DMRT3、HNF1B、MAPK14、POLR3A、TBCE、BBS4、DOCK8、HOXA10、POR、TBX1、BBS5、DPAGT1、HOXA11、POU1F1、TBX3、BBS7、EBF2、HOXA13、PPARG、TGFB1、BBS9、HOXA4、PPP1R3A、TGFBR3、BLM、HOXA9、MKKS、PRKAR1A、TMEM67、EIF2B1、HOXB6、MKS1、PROK2、TNXB、BMP2、EIF2B2、HOXC13、MLL2、PROKR2、TP63、BMP4、EIF2B3、HOXD13、PROP1、TRIM32、BMP7、EIF2B4、PSMC3IP、TSHR、BMPR1B、EIF2B5、HS6ST1、MTMR1、PTCH1、TSPYL1、BRAF、EMX2、HSD11B1、PTGDS、TTC8、ERCC8、HSD17B3、NBN、PTPN11、UBR1、ESR1、HSD17B4、NDN、RAB23、UPK3A、BSCL2、ESR2、HSD3B1、NELF、RAB3GAP2、BUB1B、EVC、HSD3B2、NIN、RAB40AL、CBL、EVC2、ICK、NKAIN2、RAF1、WDPCP、CBX2、IGF1R、NLGN4X、RECQL4、WDR11、CCDC28B、FGF8、NOBOX、RET、WHSC1、CD96、FGF9、INHA、NOS1、RIPK4、WNT3、CDKN1C、FGFR1、INHBA、NOTCH2、ROR2、WNT4、CEP290、FGFR2、INHBB、NPR1、RSPO1、WNT5A、CFTR、FIGLA、INPP5E、NPR2、RXFP2、WNT7A、CGA、INSL3、SDCCAG8、WT1、CHD7、INSR、NR1I2、SEMA3A、WWOX、CHRM3、FOXL2、INSRR、NR1I3、SEMA3E、ZBTB16、CLTCL1、FRAS1、IRF6、NR3C1、SF3B4、ZFPM2、CNBP、FREM2、IRX5、NR5A1、SHBG、ZFY、CREBBP、FSHB、NRAS、SHH、CTNNB1、FSHR、KCNQ1OT1、NSD1、SHOC2、CTNS、FST和SLC29A3。9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的裝置，其特征在于，包括與每個(gè)所述常染色體基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。10.一種計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)程序，其特征在于，所述計(jì)算機(jī)程序被處理器執(zhí)行以檢測(cè)SRY基因變異，所述計(jì)算機(jī)程序?yàn)椋?i)當(dāng)Y染色體測(cè)序深度小于1/5的X染色體測(cè)序深度，和/或Y染色體測(cè)序深度小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，將來自測(cè)序單元的測(cè)序數(shù)據(jù)與第二參考序列比對(duì)，獲得第二比對(duì)結(jié)果，將所述第二比對(duì)結(jié)果中的未比對(duì)上所述第二參考序列的讀段與第三參考序列比對(duì)，獲得第三比對(duì)結(jié)果，基于所述第三比對(duì)結(jié)果中的比對(duì)到SRY基因參考序列的讀段的信息，計(jì)算SRY基因的覆蓋度和/或SRY基因的測(cè)序深度，當(dāng)所述SRY基因覆蓋度不小于90％和/或所述測(cè)序深度不小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，判定存在SRY基因陽(yáng)性變異；(ii)當(dāng)Y染色體測(cè)序深度不小于1/5的X染色體測(cè)序深度，和/或Y染色體測(cè)序深度不小于1/10的常染色體測(cè)序深度時(shí)，基于來自第一比對(duì)單元的第一比對(duì)結(jié)果，檢測(cè)SRY基因變異；其中，所述SRY基因的覆蓋度＝有讀段比對(duì)上的SRY基因參考序列的區(qū)域的大小/SRY基因的大小，所述SRY基因的測(cè)序深度＝比對(duì)上SRY基因的讀段數(shù)目/SRY基因的大小；所述X染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上X染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/X染色體目標(biāo)區(qū)域的大小，所述Y染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上Y染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/Y染色體目標(biāo)區(qū)域的大小，所述常染色體的測(cè)序深度＝比對(duì)上常染色體目標(biāo)區(qū)域的讀段數(shù)目/常染色體目標(biāo)區(qū)域的大小；所述X染色體的測(cè)序深度、Y染色體的測(cè)序深度和常染色體的測(cè)序深度是基于來自第一對(duì)比單元的第一比對(duì)結(jié)果計(jì)算獲得的；所述第一比對(duì)單元用于將來自測(cè)序單元的測(cè)序數(shù)據(jù)與第一參考序列比對(duì)，獲得第一比對(duì)結(jié)果；所述測(cè)序單元用于對(duì)來自核酸獲取單元的核酸中的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，獲得測(cè)序數(shù)據(jù)，所述測(cè)序數(shù)據(jù)由多個(gè)讀段組成，所述目標(biāo)區(qū)域是通過試劑盒捕獲所述核酸獲得的；所述核酸獲取單元用于獲取待測(cè)樣本核酸；所述第一參考序列包括X染色體、Y染色體和常染色體的參考序列，所述第二參考序列不包括Y染色體的參考序列，所述第三參考序列包括Y染色體的參考序列；其中：所述試劑盒包括探針，所述探針固定在固相基質(zhì)上或者游離于液相中，所述探針能夠特異性識(shí)別X染色體上的以下29個(gè)基因的外顯子區(qū)：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域，所述探針能夠特異性識(shí)別Y染色體上SRY基因的外顯子區(qū)，和Y染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域。11.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述第二參考序列為X染色體參考序列和常染色體參考序列，和/或所述第三參考序列為Y染色體參考序列。12.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別X染色體上的與每個(gè)所述29個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識(shí)別的X染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在X參考染色體上的距離不大于10M。13.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別Y染色體上的與SRY基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，所有的所述探針能夠特異性識(shí)別的Y染色體上的區(qū)域中的任兩個(gè)相鄰區(qū)域在Y參考染色體上的距離不大于10M。14.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別每5-10M所述X參考染色體區(qū)域中的至少一部分，和/或所述探針能夠特異性識(shí)別每5-10M所述Y參考染色體區(qū)域中的至少一部分。15.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述X染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域包括以下X染色體上的15個(gè)基因的外顯子區(qū)：GATA1、KLHL4、DGKK、DIAPH2、EBP、MTCP1、HPRT1、MTM1、BRCC3、USP26、BCOR、ZXDA、RAB40AL、CHRDL1和FMR1，任選的，包括與每個(gè)所述15個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)，和/或所述Y染色體上的至少一個(gè)其它區(qū)域包括以下Y染色體上的5個(gè)基因的外顯子區(qū)：KDM5D、PCDH11Y、DDX3Y、EIF1AY和USP9Y，任選的，包括與每個(gè)所述5個(gè)基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。16.權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，所述探針能夠特異性識(shí)別至少一個(gè)常染色體基因的至少一部分。17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，至少一個(gè)常染色體基因的至少一部分包括以下常染色體基因的外顯子區(qū)：AGPAT2、GADD45G、SLC39A4、AIP、CUL7、KIAA1267、SMARCA2、AIRE、CYB5A、GATA3、KIF7、AKAP2、CYB5R3、GATA4、KISS1、ORC1、SNAP29、AKR1C2、CYP11A1、GDF9、KISS1R、OTX2、SNRPN、AKR1C4、CYP11B1、GHR、PAPSS2、SOS1、ALMS1、CYP11B2、KRAS、PAX2、SOX10、ALX4、CYP17A1、GLI3、LEP、SOX2、AMH、CYP19A1、GNAS、LEPR、PCSK1、AMHR2、CYP21A2、GNRH1、LHB、PEX1、SOX8、CYP3A7、GNRHR、LHCGR、PEX12、SOX9、ARID1B、DAZ1、GPC6、LHX1、PEX14、SPATA17、ARID5B、DBH、GSTM1、LHX3、PEX2、SPATA4、ARL6、DCAF17、GSTT1、LHX4、PEX26、SRD5A1、H19、LHX9、PEX3、SRD5A2、ATF3、H6PD、LMNA、PEX5、ATPAF2、DHCR7、HARS2、LZTFL1、PEX6、STAR、ATR、DHH、STK11、MAP2K1、PITX2、STRA6、BBS1、DIS3L2、HESX1、MAP31、PMM2、SULT2A1、BBS10、DMRT1、HFE、MAP3K4、TAC3、BBS12、DMRT2、HHIP、MAPK1、POLG、TACR3、BBS2、DMRT3、HNF1B、MAPK14、POLR3A、TBCE、BBS4、DOCK8、HOXA10、POR、TBX1、BBS5、DPAGT1、HOXA11、POU1F1、TBX3、BBS7、EBF2、HOXA13、PPARG、TGFB1、BBS9、HOXA4、PPP1R3A、TGFBR3、BLM、HOXA9、MKKS、PRKAR1A、TMEM67、EIF2B1、HOXB6、MKS1、PROK2、TNXB、BMP2、EIF2B2、HOXC13、MLL2、PROKR2、TP63、BMP4、EIF2B3、HOXD13、PROP1、TRIM32、BMP7、EIF2B4、PSMC3IP、TSHR、BMPR1B、EIF2B5、HS6ST1、MTMR1、PTCH1、TSPYL1、BRAF、EMX2、HSD11B1、PTGDS、TTC8、ERCC8、HSD17B3、NBN、PTPN11、UBR1、ESR1、HSD17B4、NDN、RAB23、UPK3A、BSCL2、ESR2、HSD3B1、NELF、RAB3GAP2、BUB1B、EVC、HSD3B2、NIN、RAB40AL、CBL、EVC2、ICK、NKAIN2、RAF1、WDPCP、CBX2、IGF1R、NLGN4X、RECQL4、WDR11、CCDC28B、FGF8、NOBOX、RET、WHSC1、CD96、FGF9、INHA、NOS1、RIPK4、WNT3、CDKN1C、FGFR1、INHBA、NOTCH2、ROR2、WNT4、CEP290、FGFR2、INHBB、NPR1、RSPO1、WNT5A、CFTR、FIGLA、INPP5E、NPR2、RXFP2、WNT7A、CGA、INSL3、SDCCAG8、WT1、CHD7、INSR、NR1I2、SEMA3A、WWOX、CHRM3、FOXL2、INSRR、NR1I3、SEMA3E、ZBTB16、CLTCL1、FRAS1、IRF6、NR3C1、SF3B4、ZFPM2、CNBP、FREM2、IRX5、NR5A1、SHBG、ZFY、CREBBP、FSHB、NRAS、SHH、CTNNB1、FSHR、KCNQ1OT1、NSD1、SHOC2、CTNS、FST和SLC29A3。18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其特征在于，包括與每個(gè)所述常染色體基因的外顯子區(qū)相鄰的30bp內(nèi)含子區(qū)。